导读

　　“合成致死”是指两个非致死基因同时失活导致细胞死亡的现象。存在合成致死关系的两个基因有“合作”的契约，当一方突变时，另一方会扩大表达以弥补伙伴的缺失。当双方都失活时，细胞会死亡。科学家们希望利用这一策略对抗癌症。但是在筛选癌症相关突变基因的“伙伴”时却面临困难。近期，斯坦福大学的研究团队开发出一种超强大的算法，能够从海量癌症基因组中筛选到关键的CP。

　　癌症常依赖于一对对互【补的基因，以维持细胞脱■离正常运作的模式。如√果互补基因中有一个发生突变，另一个会扩大表达量以弥补突变一方的缺失。但是如果这一对基因都发生错误了，细胞会因此死亡。这种两个非致死基因同时失活导致细胞死亡ㄨ的现象被称为“合成致死”(synthetic lethals)。

　　依据这一▃原理，如果一个基因发生癌症相关的突变，那么用药物抑制它的另一半(有合成致死关系)，就可以特异性地消灭癌细胞。这种抗癌策略不会伤害正常的细←胞。而且，很多已知的癌症关联突变很难应用于临床，但〇是它们的合成致死“伙伴”却更容易成为药物靶标。

　　遗憾的是，迄今为止，科学家们很难々寻找到存在特殊合作关系的基因对。

　　近期，来自于斯坦福大学的研究团队取得了新突破。他们开发出一款全新的计算机算法——MiSL(Mining Synthetic Lethals)，可以在肿→瘤数据库中筛选出合成致死基因伙伴。他们相信，这一算法有望实现更有效、毒性更低的抗癌方法，通过与斯坦福大学、安德森癌症中心的肿瘤学家们合作，为不同的癌症患者寻↓找个性化治疗方案。

　　相关研究成果于▓5月31日在线发▲表在《Nature Communications》期刊，计算机学教授David Dill和医学副教授◥Ravi Majeti是通讯作者，研究助理Subarna Sinha和博士后Daniel Thomas是共同第一作者。

　　大规模筛选“基因CP”

　　癌细胞的『遗传物质往往一团糟，因为基因的突︼变，DNA复制、细胞分裂过程完成失控。他们教给计算机一个简单的“如果这个，那么那个”(if this, then that)的概念，以便鉴定出表达水平相互依赖(合成致死的典型特征)的基因对，即如果A基因发生突变◥◥，那么Y基因会扩大表〓达量以弥补A基因♀功能的缺失。当A基因不突变时，Y基因可以被∩删除。换句话说，这些互补基因“相互扶持”。

　　研究团队针对12种不同类型的癌症、超3000个癌症相关突∮变，利用MiSL算法在◢国际肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas)中进行大规模筛选，以确定癌症相关突变基因对应的互补基因。具体而言就是，当特定癌相关突变发生时，表达量异常ㄨ高的基因;或者↑当突变发生时，几乎很少或从未缺失的∮基因。

　　最终，研究人员针对3,120癌症突变，筛选到145,891个潜在的合作致命伴侣。令人兴奋的是，他们在89种合成致命性基因对中，发现其中有17对基因已经投入临◥床应用或者正处于药物研发♂中。“我们发现，这些互补关系比预想得更频繁，甚至于出现于看似毫无关联的基因之间。” Dill 表示。

　　强大的工具

　　MiSL算法鉴定出一些新关系，例如⊙与白血病相关的IDH1突变基因∏与ACACA基因存在╳互补关系。而且，一些合成致死基因对存在于多种癌症中，且与多种基本生物学过程有关，例如Wnt信号通路、Krebs循环、DNA修复机制。

　　Majeti强调道：“我们目前筛选到的结果只是MiSL算法能力的‘冰山一角’。它分析海量数据的能力】很强大，能够』快速鉴别出潜在的基因关系。这有利于我↙们更高效、便捷地开发抗癌药物。”

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