微生物分类
形态特征“
(1)个体形态 镜检细胞形状、大小、排列，革兰氏染色反应，运动性，鞭毛位置、数目，芽孢有无、形状和部位，荚膜，细胞内含物;放线菌和真菌的菌丝结构，孢子丝、孢子囊或孢子穗的形状和结构，孢子的形状、大小、颜色及表面特征等。
培养特征
1)在固体培养基平板上的菌落(colony)和斜面上的菌苔(lawn)性状(形状、光泽、透明度、颜色、质地等);
2)在半固体培养基中穿刺接种培养的生长情况;
3)在液体培养基中混浊程度，液面有无菌膜、菌环，管底◎有无絮状沉淀，培〖养液颜色等。
生理生化特︽征
(1)能量代谢 利用光能还是化学能;
(2)对氧气的要求 专性好氧、微需氧、兼性厌氧及专性厌氧等;
(2)营养和代谢特性 所需碳源、氮源的种类︾，有无特殊营养需要，存在的酶〓的种类等。
生态习性
生长温度，酸碱度，嗜盐性，致病性，寄生、共〗生关系等。
血清『学反应
用】已知菌种、型或菌株制成抗血清，然后根据它们与待鉴定微生物是否发生特异性的血清学反应，来▲确定未知菌种、型或菌株。
噬菌反应
菌体的寄生有专々一性，在有敏感菌的①平板上产生噬菌斑，斑的形状和大小可作为鉴定的依据;在液体◣培养中，噬菌︼体的侵染液由混浊变为澄清。噬菌体寄生的专业性有差别，寄生范围广的谓多价噬菌体，能侵染同一属的█多种细菌;单价噬菌体只侵染同一种的细菌;极端专业化【的噬菌体甚至只对同一种菌的某一菌株有侵染力↑，故可寻找适当专化的噬菌◣体作为鉴定各种细√菌的生物试剂。
细胞壁成分
革兰氏阳性细菌的细胞壁含肽聚糖多，脂类少。革兰阴性细菌与之相反。链霉菌属(Streptomyces)的细胞壁含丙氨酸、谷氨酸、甘氨酸和2，6-氨基庚二〒酸，而含有阿拉ㄨ伯糖是诺卡氏菌属(Nocardia)的特征。霉菌细胞壁则主要含几丁质。
红外吸收光谱∞
利用红外吸收谱技术测定微生物细胞的化学成分，了解微生物的化学性质，作为分类依据之一。
GC含量
生物遗传的物质基础是核酸←，核酸组成上的异同反映生物之间的亲缘关系。就一种生卐物的DNA来说，它的碱基〇排列顺序是固定的。测定四种碱基中鸟嘌呤(G)和胞密啶(C)所占的摩尔百分比，就可了解各种微生物DNA分子不同源性程度。亲缘关系接近的微生物，它们的G+G含量相同或近似的两种微生物，不一定紧密相关，因为〒它们的DNA的四个碱基的排列顺序不一定相同。
DNA杂合率
要判断微生↙物之间的亲缘关系，须比较它们的DNA的碱◎基顺序，最常用的方法是DNA杂合法。其基本原理是DNA解链的可逆性和碱基¤配对的专一性。提取DNA并使之□ 解链，再使互补⌒的碱基重新配对结合成双链。根据能生成双链的情况，可测知杂△合率。杂合率越高，表示两个DNA之间碱基顺序的相似越高，它们间的亲缘关系也就越近。
核糖体核糖酸(rRNA )相关度
在DNA相关度低的菌株之√间，rRNA同源性能显示它们♀的亲缘关系。Rrna-DNA分子杂交试验可测〓定Rrna的相关度，揭示Rrna 的同源性。
rRNA的碱基顺序
RNA的碱基顺序由∑ DNA转录来的，故完全具有相对应的关系。提取并分离细菌内标记的16SrRNA,以核糖核酸消化，可获得◥各种寡核苷酸，测定这些寡核苷酸上的碱基ω 顺序，可作为细菌分类学的一种标记。
核糖体蛋白的组成分↓析
分离被『测细菌的30S和50S核糖体＠蛋白亚单位，比较其中所含核糖体蛋白的种类及其含量，可将被鉴定的菌株分为若干类群，并绘制系统发生图。
编辑本段微生物的分类系统这里仅简述原核微生物和真核微生≡物的分纲体系。
原核∮生物界(Procaryotae)
(1) 光能营养原核生物○门
Ⅰ 蓝绿光合①细菌纲(蓝细菌类)
Ⅱ 红色光合细菌纲
Ⅲ 绿色光合细菌纲
(2)化能营养原核生物门
Ⅰ 细菌纲
Ⅱ 立克次氏体纲
Ⅲ 柔膜体纲
Ⅳ 古细菌纲
真核微生物(Eucaryotic microbes)
真核策生物主要包括各类真菌，还有粘菌等。
真菌划分各能分类单位的基本〓原则是以形态特征为主，生理生化、细胞化学和生态等特征为辅。丝状真菌主要根据其孢子产生的方法和孢子本身的特征，以及培养特征来划分各级的分类单位。一些Ψ病原真菌的鉴定，寄生和症状也可作为参←考依据。真菌可分以下四纲：
Ⅰ 藻状菌纲 菌丝体无分隔，含多个核。有性繁殖形成卵孢子或接合孢子。
Ⅱ 子囊菌纲 菌丝体有分隔，有性阶段形成子囊孢子。
Ⅲ 担子菌纲 菌丝体有分隔，有性阶段形成担孢子。
Ⅳ 半知菌纲 包括一切只发现无性世代未发现有性阶←段的真菌。
粘菌也可分为四【纲，即
Ⅰ 网粘菌纲 自细胞两端各自伸出长的粘卐丝并接连形成粘质的网络——假原质团。
Ⅱ 集胞粘菌纲 分泌集胞粘菌素，形成假原质团。
Ⅲ 粘菌纲 形成原质团，腐生性自由∩生活。
Ⅳ 根肿☉病菌纲 形成原质团，专性寄生。亦有№将之归于真菌类。
