PCR扩增后一般进行琼脂糖凝胶电泳分析，电泳后一般有以下几种〗条带：
1、引物带。引物浓度过高或是扩增效率不是特别高时都会有，一般不呈现为细带，为发散状;如果目的扩增产物带和引物带都很亮，可以考虑适当降低引物量。
2、引物二¤聚体带。比引物◢跑得慢一点，条带清晰，但如果扩增产物小于100bp时，产物与引物二聚体就不好分别了，建议采用DNA聚丙烯酰胺电泳(不是蛋白质的SDS聚丙烯酰胺电泳);如果引物二聚卐体在优化复性温度后仍然严重影响目的产物的扩增，优︾先考虑更换引物设计(因为引物合成的成本比反复优化条件的成本低)
3、目的扩增产物带。其大小与设计大小相同，条带清晰。
4、非ω特异扩增产物带。其大小与◤设计大小不相同，条带清晰。一般考虑通过提高复性温度来减少或消除(也可用温度梯度功能来寻找最佳的复性温度，东胜龙811型PCR仪就有此功能)。如果其片段大小比目的片段大较多，可以通过减少延伸时间来减少或消除(即不给它足够的延伸时间⊙)。还有一种非特异扩增产物带是来自于逆转录PCR实验时的基Ψ因组DNA的污染，如果目的扩增产物中有内含子，扩增产物很可能大于目的基因。这种条带通过优化复性温度是不能消除的，可以在逆转录〖前用无RNA酶的DNA酶进行样本处理。
5、模板DNA带。模板浓度↘过高时可能出现①。如果是基因组DNA为模板，条带可能会很乱且较大。一般进行PCR扩增时，模板浓度都不要太大，否则会产生一些比目的基因长一点的杂质DNA(可能不成条带，也看不到)，这是由PCR扩增原理造【成的。
