2014年12月16日,中科院广州生物医药与健康研究院、山东大学、南方医科大学、伯明翰大学和香港大学等处的研究人员,在国际著名学术期刊《Cell Research》发表了一项最新研究成果,题为“The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and CpG methylation at pluripotency gene promoters”。这项研究对于lncRNAs在重编程中的作用提供了独特见解,并在p53和异染色质之间建立了一种新的联系。
本文■通讯作者分别为中科院广州生物医药与健康研▼究院的西班牙裔研究员Miguel A. Esteban和副研究员鲍习琛博士。Miguel A. Esteban博士毕业于西班牙马德里自治大学,曾经在纳瓦拉大学、伦敦帝国学院等机构从事研究工作,2007年12月加入广州生物医药与健ω康研究院,从〗事肿瘤干细胞研究,研究结果多次发表在Cell stem cell、JBC、Nature Genetics、Human Molecular genetic等国际权威期刊。鲍习琛博士2011年获中国科技大学生化与分子生物学博士学位,从2011年起先后为广州生物医药与健康研究院助理研□ 究员、副研究员,主◥要从事非编码RNA在诱导多能干细胞发生中的功能研究,曾在JBC、Current Opinion in Cell Biology、Nucleic Acid Research等著名期刊发表学术论文。
诱导多能干细胞(iPSCs)对于再生医学、体外疾病模型和毒理学◆筛选有重要影响。然而,要达到这些ぷ预期,我们有必要了解重编程机制如何消除和重写体细胞表观遗传学编码。这很重要,因为重编程很容易出错,这可能会阻碍衍生细胞的生物医学应用。
现在,通过外生因素的重编程,被认为是一个多步骤的过程,在此过程中细胞必须克服一系列的障碍,最终才¤能获得多能性,但是在某种情况下它可∩能也是确定性的。两个基本的重编程障碍是:p53介导的反应,可促进细胞凋亡和细胞衰老;先存的体细胞样表观遗传标记的去除效率低下『。因此,p53或H3K9甲基◤转移酶Setdb1、Suv39h1和Suv39h2的损耗,以及DNA甲基转△移酶DNMT1的抑制,可提高重编程的效率。
非编码RNA在不同重编程障碍的构建或删除过程中,发挥着重要的作用。然而,尽管microRNA (miRNA)网络在重编程中的广泛表征,目前已知只有2个长非编码RNAs (lncRNAs)可调节这一█过程。LncRNAs是不超过200个核苷◣酸的非编码RNA种类,充当诱饵、指南或支架的作用。LincRNA-RoR是第一个与重编程有关的lncRNA。相反,lincRNA TUNA与Nanog、Sox2和Fgf4启动子区的几个RNA结合蛋白,形成了一种复合物,在那里它有利于活▼性组蛋白标记H3K4me3的沉积。
在这项研究中︻,通过表达谱和功能筛选,研究人员确定,大的基因间非编←码RNA p21(lincRNA-p21)可损害重编程。值得〖注意的是,lincRNA-p21是由p53诱导,但是并不促进重编程中的细胞凋亡或细胞衰老。相反,lincRNA-p21与H3K9甲基←转移酶SETDB1和DNA甲基转移酶DNMT1有关,这是由RNA结合蛋白HNRNPK促进的。因此,lincRNA-p21可通过维持多能性基因启动子的H3K9me3和/或CpG甲基化,阻止重编程。
在这篇论文成稿过程╲中,Dimitrova等人利用一种基因删除方法证明,lincRNA-p21也顺◣式作用以诱导p21表达并●减少MEF增殖。与我们的研究工作相反,敲除掉MEFs的lincRNA-p21 之后,Huarte等人并没有检测p21表达的任何减少。Dimitrova等人还推测,lincRNA-p21可通过增ぷ加p21,阻断MEFs的OSKM重编程,但是他¤们并没有在此设置中量化细胞增殖。这种差异的一个可能解释╳是,lincRNA-p21的完全抑制,是解除p21所必需的。还需要进@一步的实验来澄清这一问题,有可能lincRNA-p21是通过多种机制来调节重编程的。
总之,这项研究可以指导其他研究人员调查lncRNA在重编程中的作用,也指出了p53、HNRNPK和lincRNA-p21调节基因表达的√一种新机制。未来的研究工作将进一步探讨,重编◥程过程中lincRNA所控制的网络,这将与迄今为止所确定的障碍形成新的联系。