Medicinal Chemists Workbench(简称MedChem Workbench，或MCW)，提供给药化学家一个简单易用的网页，能够进行化合物列表的登录和管理，收集化合物信息并执行常用的计算任务。该网页式的工作平台基于Pipeline Pilot平台开发，允许模拟专家和IT专家把常见的工作流程部署在统一的Web界面中，供药化学家和实验人员日常使用。

　　在以往的药物设计工作模式下，药化实验人员需要通过分子模拟专家来实现常规任务的计算。这种工作模式浪费了实验人员的大量宝贵时间，他们≡需要花时间在化合物数据采集和结构整理上，而且需要不断寻求模拟人员使用软件得到〓计算结果;同时，模拟人员也会因每天需要做重复的计算工作而感到厌烦。另一方面，由于药物设计的项目发展太快，药化学家通常因为没法快速访问计算◥工具而无法及时分析信息，比如：

　　• 对于一批化合物，它们的理化性质和ADMET性质如何?

　　• 一批化合物的构效关系ぷ的有什么趋势?

　　• 哪些化合物是最新的筛选结果?

　　• 对于当前手头在做的化合物中，哪些文献有报道?

　　• 对↑于待合成化合物来说，哪些是含有害基团而需要修改的?

　　• 对于当前已合成的化合物来说，哪些具有类药性?

　　• 如何把每天合成或收集∩到的化合物结构集中∩管理?

　　• 如何把一批化合物的结构和性质以直观的排布方式选择和打印出来?

　　MedChem Workbench的出现革新了制药企业的工作模式，提供给给药化实验人员最简单的one-stop-shop服务，把药化实验人员需要解决的计算问题全部放在统一的Web界面中，直接在网页中就能实☆现以下任务：

　　• 快速方便收集不同批次的化合物数据集。

　　• 方便计算给定化合物的各种理化性质和ADMET性质。

　　• 显示给定化◣合物集的二维构效关系。

　　• 对给定化合物集进行聚类分析。

　　• 从文献中寻找化合物名称并转化成对应化合物结构。

　　• 枚举给定化合物的相似结构。

　　• 枚举给定化合物可能的代谢产︻物。

　　• 通过给定的药效团来筛选一批化合物并排序给出筛选结︻果。

　　• 给已有化合物打印含结构和性质的标签。

　　• 把已有化合物输出到∑SDF文件、Excel文件、PDF文件、PPT文件等。

　　MedChem Workbench任务示例

　　创建2D SAR表

　　通过输入的母核结构和所选化合物，创建R基团和化合物活性之间关系的2D SAR表，纵轴表示R1基团，横轴表示R2基团，每个方块显示活△性数值，红色高，蓝色低，鼠标悬停时可显示该化合物完√整结构。

　　类药性五原则筛选

　　通过计算分子量、AlogP、氢键受体和氢键给体等性质对化合物进行Lipinski Rule of 5筛选，药化学家可以自定●义性质筛选的范围，结果会显示当前化合物的Rule of 5统计信息，以及每种性质的详细分布区间图。

　　药效¤团筛选

　　通过给定的药效团模型对一批化合物进行筛选,筛选结果按筛选成功和筛选失败的分别列々表显示,筛选成功的化合物按Fit值从高到低排序，并可◥以直接在Web界面上查看其3D结构、以及和药效团的匹配程度。