1、PCR 产物测序时出现重叠峰
问题图1(模板中有碱基缺失，往往是单一位点(1-1)或两个位点(1-2)碱基缺失导致测序
结果移码)
解决方法：将PCR 产物克隆到质粒(如T 载体)中挑单克隆测序，或将PCR 产物进行PAGE
纯化(至少琼脂糖充分电泳后切胶纯化)后★再进行测序。
问题图2(PCR 产物不纯，含部分序列一致的两种以上的片段，长度不一)
解决方法：主要原因是PCR 产物没有纯化，含有部分序列一致的两种以上长度不一的片段，将PCR 产物进行PAGE
纯化(至少琼脂糖充分电泳后切胶纯化)后再进』行测序，便可解决。
问题图3(测序引物有碱々基缺失)
测序引物有碱基缺失(一般是引物的5端缺失)，和模板的碱基缺失即图1
有些类似，所不同的是模板碱基缺失一般是在一段正常测序序列后才出现移码，而引物碱基缺失的话，则从测序一开始就出现移码，表︾面在图形上便是一开始就是严重的峰形♀重叠。
解决方法：重新合成引物，或将引物进行PAGE 纯化
2、克隆测序时出现峰形重叠
原因：所挑选的重组子不是单克隆，所提供的测序用质粒中含有两种以上插入片段不≡同的质
粒;或是是送≡测序的菌液污染
解决方法：重新挑单克隆的菌落々(划线分离单菌落)，提质粒或送菌液再次测序。
3、样品有杂合/突变位点
模板中♂有杂合型突变，也就说模板本身在这个位点出现突变;或者是从基因组中扩增出来的
杂合位点。如果模◥板有杂合(突〇变或缺失)，那么测序图形中其他的位點一般都是單一的峰形，
然后突然在某一個位點出現重叠峰(如图中箭頭所示)。
解决方法：建议将DNA 片段克隆到载体再测序。
4、polyA/T 和C/G cluster 导致的套⊙峰和测序信号衰减
RACE 测序时经常遇到图4-1 和图4-4 的情形，解决方法：从另一端测序;但如果这样的序列出现在中间，目前还没有很好的解决方法，要看测序公司的本事了。
C/G cluster 在PrV 基因组测序时遇到＠过。后来还↓是让TaKaRa 公司给解决了，虽然不喜欢鬼子〒，但有时候却不得不用它▲们的产品和服务。
5、基因中含有重复序列
可能的原因: 样品中含有重復序列导致的测序结果和PolyA/T 的结果一样，会导致Frame
滑动，较短的重復序列会导致测序结果出现移码;而较长的重復序列会＠ 使定序信号衰减。
解决办法: 反向测序有时能够顺利的通过重復序列区域(但不是一定都能够)，通过多次的测序结果比对，拼接可以得到全序列结果.
