二维聚丙烯酰胺凝胶电泳技术结合了等电聚焦技术（根据蛋白质等电点进行分离）以及SDS－聚丙烯酰胺凝胶电泳技术（根据蛋白质的大小进行分离）。这两☆项技术结合形成的二维电泳是分离分析蛋白质最有效的一种电泳手段。
通常第一维电泳是等电聚焦，在细管中（φ1～3 mm）中加入含有两性电解质、8M的脲以及非离子型去污剂的聚丙烯酰胺凝胶进行等电聚焦，变性的蛋白质根据其等电点的不同进行分离。而后将凝胶从管中取出，用含有SDS的缓冲液处理30 min，使SDS与蛋白质充分结合。
将处理过的凝胶条放在SDS－聚丙烯酰胺凝胶电泳浓缩胶上，加入丙烯酰胺溶液或熔化的琼脂糖溶液使其固定并与々浓缩胶连接。在第二维电泳过程中，结合SDS的蛋白质从等电聚焦凝∞胶中进入SDS－聚丙烯酰胺凝胶，在浓缩胶中被浓缩，在分离胶中依据其分子量大小被分离。
对细胞提取液进行双№向电泳时可分辨出1000～2000个蛋☆白分子，也有报道说能够分辨出5000～10000个蛋白斑点■。这些报道的数据与细胞中正常存在的蛋白分子的数量很接近，因此可以说蛋白质双向电泳的分辨率较高，可以直接用于检测细胞提取物中①单个蛋白分子。
