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SimGlycan是一款MSn数据分析软件。它预测聚糖结构,对其进行评分并生成与给定MS谱密切匹配的可能聚糖列表「。支持糖肽和释放的聚糖谱。
SimGlycan根据MS/MS和多级质谱 (MSn) 数据预测聚糖的结构。此外,使用LC-MS/MS糖肽数据分析糖肽的支持有助于糖基化研究。SimGlycan接受实验性MS/MS数据,将它们与自己的数据库▅进行匹配,结果生成排序的候选结构列表。每个候选者的等级表示候选结构和实验聚糖之间的接近度。排名是根据稳健的评分机制计算的,该机制考虑了在实验MS/MS光谱中观察》到的结构特异性诊断离子以及观察到的峰的强度。
SimGlycan还支持异构体分化的多级质谱 (MSn) 数据分析。
SimGlycan特点:
强的聚〒糖和糖肽数据库
SimGlycan数据库是一个大型关系数据№库,包含9,964种聚糖、22,814种糖蛋白*、6,826种已知生物来源的聚糖和5,874种已知类别的聚糖。随着更多聚糖信息的发布,该数据库会不断更新。
支持MALDI MS/MS和LC-MS/MS工作流程
支持H、Li、Na、Mg2+、K、HCOO-和NH4+等不同的加合物以及Na+H、Li+H等加合物组合卐,以及基于不同的可扩ξ展 MS/MS碎片模式仪器设置,SimGlycan可以分析糖肽和释放聚糖的MALDI和LC-MS/MS数据,这些聚糖是未衍生ω化、全甲基化和还原端修※饰的,而不会影◇响分析结果。
数据输入文件格式
SimGlycan可以直接自动加载由SCIEX(TripleTOFTM5600系统、TOF/TOF 5800、4800 Plus MALDI TOF/TOFTM分析仪、4000 QTRAP?和QSTAR?Elite系统)的质谱仪产生的输入数据文件。Agilent Technologies(Agilent 6200系列TOF LC/MS和Agilent 6500系列Q-TOF LC/MS系统),Bruker Corporation(ultrafleXtremeTM MALDI TOF/TOF, ultraflexTM MALDI TOF/TOF, autoflexTMTOF和TOF/TOF, maXisTM UHR-TOF, micrOTOFTM, micrOTOF-QTM, solariXTM Qq-FTMS和amaZonTM离子阱系ω 列),Thermo ScientificTM(LTQ FT Ultra、LTQ Velos、LTQ XL、LTQ Orbitrap Discovery、LTQ Orbitrap Velos、LTQ Orbitrap XL、MALDI LTQ Orbitrap、Orbitrap Elite, Q Exactive和Thermo ScientificTMOrbitrapTMFusionTMTribrid质谱仪和Thermo ScientificTMQ ExactiveTM混合四∏极杆-Orbitrap质谱仪)和Waters公司(SYNAPT G2 HDMS、SYNAPT G2 MS、Xevo G2 QTof、Xevo QTof MS、Xevo TQ MS和Xevo TQ-S平台)。使用mzData和mzXML格式支持其『他质谱仪。此外,SimGlycan也接受手动输入、TXT和XLS文件格式。不管你的仪器是什么的,都可以用第三方工具将输出结果转换为Ψ 这些格式。
TMT定量*
SimGlycan现在支持基于质谱的定量糖学◎工作流程,使用aminoxyTandem Mass Tags (TMT)。aminoxyTMT6试剂能够有效的对聚糖进行相对定量,提高标记聚糖的电离效率,从而提高分析通量。通过测量来自相应MS/MS光谱的报告离子峰强度来量化聚糖。用户∏可以指定小至0.0001的容差。提取峰强度后,调整氨氧基TMT报告离子信号以说明每种TMT变体中的同位素杂质。用户可以选择全部聚糖谱匹←配中的总和/平均/中值报告离子强度作为聚糖的数量。各种图表,如条形图、点图等。
多级质谱(MSn)数据分析
SimGlycan包括对执行多级/序列质谱 (MSn) 数据分析的支持。MSn是一种对来自MS/MS(或前级MS)的产物离子进行重碎裂的技术,是解决异质【性、分支模式和同压寡╲糖结构的有效技术之一。它允许区分具有相似特征片段模式的聚糖,这些片段模式在MS/MS光谱中无法区分。随着MS (n)水平的〒增加,生成的片段变得具有结构特异性,这有助于解析同量异位寡糖或对选定结构进行详细表征。
糖肽定性分析
很ξ 多质谱仪允许在化合物从在线分离系统中洗脱时捕获MS/MS 数据。这种LC-MS/MS方法卐会生成很大的数据集,需要复杂的信息学工具在色谱分离过程中分配糖肽结构。这将提高分析◣效率并提供更深入的质∩谱糖蛋白组数据分析。SimGlycan现在支持识别复●杂混合物的糖肽,这些混合物由LC分离并由MS/MS在批处理模式下检测。SimGlycan将使用第三方工具识别的蛋白质ID、蛋白¤质序列或肽序列作为初始输入。SimGlycan识别可能的聚糖-肽组合,并根据MS/MS数据中观察到的峰对它们卐进行排序,这些峰对应于理论糖肽中的诊断离子。可以分析具有1到20 ppm和0.1到2000 milli Dalton (mDa) 之间误差容限的高分辨率准确质量数据。
项目管理
SimGlycan提供项目管理,将结果与输入Ψ 配置文件和搜索参数相关联。您可以打开任意数量的项目。用户可以在一个项目中导入20,000个光谱。项目可以根据来源、实验室或研究目标◥进行分类。这很关键,尤其是在进行大规模聚糖分析项目时。您可以通过单⊙击按钮访问聚糖相关信息。与基于Web的应用程序不同,SimGlycan将其保存在您自己的计算机上。
可用信息包括:
聚糖结构:显示聚※糖的分子结构(碳水化合物序列∞)。
Glycan Fragments:使用Domon Costello碎片规则显示命名法、结构、m/z值和质量。为每个片段分配一个序列号。
i) 糖苷片段:显示单个糖苷和糖苷/糖苷片段。
ii) 交叉环片段【:显示单个交叉环ζ 和糖苷/交叉环片段。
糖肽结构:显示肽序列和蛋白质糖基化位点【以及聚糖结构。
注释质谱并生成报≡告: SimGlycan可以使用cartoons或Domon-Costello命名法对质谱进行注释。还描绘了片段的○电荷状态。
导出带注释的峰列表:用户可以将全部搜索结果的带注释的峰列表从20,000个MS/MS光谱导出到单◤个项目报告。用户可以在带注释的峰列表中只⊙包含匹配的〖片段或同时包含匹配和不匹配的片段。
绘制聚糖
SimGlycan使用户能够绘制和编辑聚糖和糖肽结构。只需单击按钮,即可添加或删除单糖、肽链或HSO 3、Etn等取代基,并可修¤改分支点和异头连接。在每一步,绘制结构的碎片化使用户能够比较实验数据和理论数据,使用户能够查看他的修改是否使理论聚糖更接近实验数据。此功能很大地有助于解析糖链▆结构,尤其是当目标糖链的数据尚不可用时。
质谱解释
软件通☆过突出显示与理论碎片相匹配的实验m/z值来帮助解释质谱,并生成描述连续单糖单元损失的注释光谱。这有助◣于研究人员建立分支模式并验证聚糖的基本单元。每个峰都可以使①用cartoons或Domon Costello命名法来表示。如果碎片是多电荷的,也会显示碎片↑的电荷状态。
SimGlycan能够≡生成带注释的质谱,以适合页面或基于感兴趣的区域。它还会将其导出以♂与您的同事分享发现。
简单的界面使您能够放大特定的绘图位置,指定m/z范围以显示特定的绘图部分,还可以将绘图作为图像文件〇导出到MS PowerPoint,以便发布结果并『与同事共享信息。
Cartoons是使用标准的※单糖功能糖组学(CFG)命名法构建的(在CFG注释不可用的情况下使用自定义符号)。您可以同时绘制全部类型的糖苷片段,同时↑以符号表示格式注释光谱。
*此功能在SimGlycan企业版中可▂用。
SimGlycan企业版
SimGlycan企业版现█已推出。如果您】使用的是私人定制数据库或专有数据,企业版是您正在寻找的解决新型聚糖的安@全工具。您可以从数据库中添加或删除聚糖结构,或创々建您自己的子数据库以缩小搜索范围,直接从您的工作站方便。多个聚糖的结构信息可以存储在一个文件中并添加到数据库中,从而节省时间。
系统要求:
对于Windows | 需要 | 推荐 |
CPU | Intel Core i3 | i5 / i7 |
内存 | 12GB | 12GB或更高 |
硬盘空间 | 200GB | 500GB或更高 |
屏ξ 幕分辨率 | 1024×786 | >1024×768 |
Windows 支←持的平台:Vista/Windows 7/Windows 8/Windows 10/Windows 11