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SnapGene 是一款强大的多功能的分子生物学工具,能够非常直观的注释分析和DNA图谱,用于创建和共享丰富的注释文件,帮助用户准确清晰地为分子生物学绘制相关图形,生物相关专业的用户不要错过!
SnapGene可帮助用户快速计划,可视化和记录您的日常分析生物学程序,并为大家提供更安全快速的方法,现在每个DNA构建体都可以用丰富的电子格式记录,它节省了大量的时间和金钱,并且方便使用者快速发现问题,制作更加优化的决策和方案※,软件界面友好,使用简单,记录全面,是一个非常理想的工具。
SnapGene 6.0新功能
添加了通过沉默突变将酶位点添加到编码序列的工具
添加了通过沉默突变从编码序列中去除酶位点的工具
添加了对标准 GenBank 特征类型集中未包含的自定义特征类型的支■持
启用更改标准 Genbank 特征类型的默认颜色
添加了对将琼脂糖凝胶模拟保存和加载为 .gel 文件的支持
添加了对成对对齐中的特征的支持
启用添加、编辑和删除路线中的要素
查看成对和多序列比①对时添加了一个特征表
启用搜索对齐以查找功能
增强的 Gibson、InFusion 和 NEBuilder HiFi 装配仿真工具,允许翻转ㄨ矢量
增强的克隆模拟工具以支持添加、删除和重新排序序列
包含对照,可根据酶切割的次数和相对于其识别序列的相对位置过滤所选酶的集合
启用设置默认密码子使用表
在 DNA 计算对话♂框中添加了用于将 ng/uL 转换为 nM 的工具
在 DNA 计算对话框中添加了碱基计数
SnapGene添加或删除酶位点的无声突变
现在可以通过沉默突变从编码序列中自添加或删除限制酶位点。
支持自定义特征类型
现在 可以扩展可用特征类型集包括自定义类型(非Genbank),并且可以更改默认特征颜色。
琼脂糖凝胶文件
琼脂糖凝胶模拟现在可以保存为.gel文件,允许以后查看和编辑凝胶或与他人共享。
成对和多重对齐中的特征注释
成对和多序列比对现在完全支持可编辑特征,能够从比对视图或新的特征视图添加、编辑和搜索。
克隆模拟增强功〗能
克隆模拟增强功能的新灵活性使得可以在克隆界面内添加、删除或重新排序片段。现在可以在模拟限制克隆、Gibson Assembly、In-Fusion Cloning 和 NEBuilder HiFi Assembly时翻转矢量。
特征
DNA可视化
查看DNA序列的多々个视图
地图:自定义,酶位点,特征,引物,ORF,DNA颜色等的显示。地图可以是圆形或线性格式
序列:使用双链模式查看酶位@ 点,具有翻译,引物和DNA颜色的特征。单链模式显示具有彩色特征的紧凑概览
酶:从一系列酶组中选择。剪切网站可以显示为数字或行,按名称或频率排序
特征:按名称、位置、大小、颜色,方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间的切换。
引物:按名称、位置、大小、颜色、方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间的切换。
历史:查看DNA构建体的自动生成的图形历史记录。
大序列支持
查看:利用SnapGene的高效数据处理功能,扫描具ㄨ有数千个带注释功能的大型DNA序列
搜索:使用专有的MICA算法即时在染色体内找到序列
缩放:使用多功能控件调整缩放系数和显示区域
蛋白质可视化
查看蛋白质序列的多个视图
地图:自定义区域、站点、键和序列颜色的显示
系列:使用具有相关特征的1或3个字母的氨基酸代码查看蛋白质序列
属型:查看蛋白质的分子量,消光系数,等电点和氨基酸组成。可以对蛋白质的选定部分进行相同的分析
特征:按名字、位置、大小、颜色或类型对带注释的功能列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间的切换
历史:查看自动生成的蛋白质序列图形历史记录。祖先蛋白质或DNA序列可以作为单独的文件再生
直观的序列编辑
轻松编辑DNA和蛋白质序列
标准编辑:进行插入、删除、替换和大小更改。复制并粘贴序列时,会自动传输功能
DNA结束:编辑线性DNA序列的末端以添加或去除突出端或磷酸酯
序列颜色编码
将选定的DNA或氨基酸序列设置为十种颜色之一
给两条DNA链或蛋白质序列着色。颜色在Map和Sequence视图中都可见
特征注释
自动特征检测:使用SnapGene广泛的数据库查找DNA序列中的』常见特征,您选择的其他功能可以添加到自定义数据库中
手动特征注释:选择DNA或蛋白质序列的一部分,并使用灵活的GenBank兼容空间注释特征
模拟
SnapGene提供优雅、信息丰富的窗口,用于模拟各种常见的克隆换个PCR方法
限制性站点指标:确认限制性『网站适合克隆
独特性:以粗体显示独特的限制性位点或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组
甲基化敏感性:限制性位点被Dam , Dcm或EcoKI甲基化阻断。SnapGene将自动用星号标记该站点
特殊性质:利用工具提示来避免有问题的限制网站
限制性克隆
可视︼化克隆过程的所有方面
如果您已经准备好了一个过程,那么模拟仅需几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷,则可以捕获并纠正错误。
聚合酶链反应
模拟标准PCR
使用您自己的引物,或要求SnapGene自动设计引物。产品文件在其历史记录上存储模板和引物。
重叠延伸PCR
通过重叠延伸PCR融合片段
最多组装八个碎片。选择要连接的片段及其方向,SnapGene将设计引物。
引物定向诱变
使用诱变隐去进行定点诱变
选择诱变引◢物,然后按一个按钮以查看修饰的质粒。历史颜色突出了突变。
网关克隆
模拟网关?BP克隆或LR克隆,或两者在同一时间
为了方便起见,提供了公共的供体向量和目的向量。选择要组装的片段,Snap Gene将设计引物。
Gibson组装
通过融合多达八个片段或通过将多达八个片段插入向量来模拟Gibson Assembly。Gibson Assembly是一种流行的无缝克隆方法。
选择要融合的片段及其方向,Snap Gene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。
IN-FUSION克隆
通过将最多八个片段插入载体来模拟Clontech的In-Fusion克隆。融合克隆是创建无缝基因融合的一种非常通用的方法。
选择要融合的片段及其方向,Snap Gene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反方向PCR产生。
TA和GC克隆
通过TA或GC克隆捕获PCR产物
选择常规TA克隆或高校GC克隆
为了方便起见,通过了常见的∏TA克隆载体和Lucigen的GC克隆载体。
退火寡核苷酸
将两个寡核苷酸退火以形成双链产物
使用简单的控件添加突出端以进行限制性克隆。
避免错误
使用SnapGene确保所需的结构◆是正确的,并确认已获得所需的序列。
基因融合阅读框
确保构造中的翻特征在框架↙中。
链接的翻译
使用“序列”视图可以一目了然的查看两个已翻译的要素是否在框架中。如果这样,翻译将链接在同一行上。如果不是,则翻译在单独的行上。
与参考序∑列比对
使用功能强大的对齐工具检查实际结构是否与模拟结构匹配。
映射概述
查看比对序列与参考序列匹配的地方以及存在差异的概述。
序列详细信息
自动记录
SnapGene自动记录操作以创建图形历史记录,并将原型构造在最终文件中。
全面的“撤销”功能
撤销几何所有操作。
不要为㊣ 尝试SnapGene文件而感到害羞—重复步骤很容易。
历史和原型
查看构造的图形历史记录
单击操作以突出显示亲本和产物序列的↓相关部分,或单击PCR引物名称以查看引物序列。
在历史树中单击一个原型,以重新生成该原型序列文件,包括其注释和克隆历史记录。
历史颜色
使用可选的历史记录颜色来标识序列的最新更改
查看有关组装结构的详细信息,包括结扎的粘性末端。
拥有您的数据
SnapGene使您可以选择读取和共享文∞件,同时保持对数据的完全控制。
安全文件管理
将SnapGene文件保存在所需的位置。
使用计算机上熟悉的安全操作系统来存储和组织SnapGene文件,
从其他格式导入
读取许多常见的文件☉格式
不仅导入DNA序列,还导入注释。将继续开发进口商,以确保您不会被锁定为专有文件格式。
导出为标准格式
将序列,图谱或凝胶图像转换为标准格式。将地图或模拟的◥穷糖凝胶导出为常见的图像格式。
与SnapGene Viewer共享数据
只需将文件和链接发送到SnapGene Viewer。就像完※整的SnapGene界面一样,收件人将能够看到图,序列和注释。
5.3版增加了许多可视化增强功能,包括多个序列比对中的功能以及历史记录,引物,序列和色谱图文件的新查看选项。借助集合中更⌒灵活的文件组织,改进的Geneious格式转换以及对RNA序列文件的可用,数据管理也得到了改善。
查看多个序列比对中的功能
输入序列中的功能会一直进行到比对,使您∩可以在上下文中可视化比对的区域。
以文本格式查看和导出历史记录
历史视图现在可用于传统的地图格式和∑ 新的文本格式。
RNA序列文件
新的.rna文件格式允许您创建,查看和编辑RNA序列。
集合中新的“全部文件”区域
将您的全部DNA,RNA和蛋白质文件组织在一个集合中的单个列表或文件夹★树中,并只需一步即可在不同区域添加新文件夹。
以3或10个残基的块形式查看序列
新的布局选项允许序列每隔3或10个基点显示一个间隔。
填写退火寡核苷酸
将两个寡核苷ζ酸重叠,然后通过填充突出端在一个步骤中将其转换为双链DNA。
具有3'悬垂的引物
现在可以用在5' end而非3' end退火的引物注释DNA序列。
色谱图文件的包装视图
以多行格式显示和打印色谱图,以更有效的查看迹线。
改进的格式转换
现在,可以通过更丰ζ 富的信息可靠的导入单个遗传蛋白质和核苷酸序列,包括功能,引物和比对。
系统操作要求:
Windows 7或更Ψ高版本(仅64位用于Intel,SnapGene 5.1或更高版本)
macOS 10.10或更高版本
Fedora Linux 21或更高版本
Red Hat (包括CentOS)Linux 7.2或更高版本(SnapGene 5.2.2或更高版本)
Ubuntu Linux 14.04或更高版本
硬件要求
内存 | 1GB以上 |
硬盘 | 250MB可用磁盘空间 |
显示 | 分辨率1024×768或更高分辨率 |