软件介绍
Sequencher5.4.6 是DNA序列分析的工业标↓准软件。它可以和所有的自动序列分析仪一同工作，并且因为它的极速Contig组装、很短的学习曲线、用户友好的编辑工具，以及卓越的技术支持而众所周知。
Sequencher 5.4.6扩大了大型基因组功能。用BWA-MEM和GSNAP插件的BAM文件取代了SAM文件输出。这个小改变有很大影响NGS序列分析的几个方面。首先这大大降低了NGS的存储↓需求分析。其他NGS工具也将受益于使用BAM文件。BAM文件加载在NGS查看器的程序〓,如平板电脑会快得多。
Sequencher 从差不多15年前释出第一个版︼本到现在，Sequencher在每个基因专业和制药公司中都应用与于序列分析任务，同时在全球超过40个国家里为数众多的学卐术和政府实验室中∩使用。Sequencher被生命科学研究者们使用于许多不同的DNA序列分析应用方面，包括基因重组、突变检测、法医的人体辨别，以及分类学等等...
Sequencher的能︼力包括杂合子和SNP的检测和分析，cDNA到染色体DNA的大型间隙对准，比较排序，对置ζ信评分的支持、ORF转换、基因银行特性化导入、以及Ψ 限制酶映射等等。
Sequencher产品特性：
SNP检测(SNPDetection)
序列装配(SequenceAssembly)
序列编辑(SequenceEditing)
自动分析(AutomatedAnalysis)
矢量微调(VectorTrimming)
SNP检测
使用Sequencher来进行比较对准以便鉴别和报告SNP以及突变。
例如，调用第二♂峰..功能分析你的所有序列以寻找潜ζ 在的杂合子。你可以控制定义一个杂合子的严格度。
你可以从一个杂合子跳到下一个，而仅仅需要在BaseView里面按一下空格Ψ键。你还可以观察一致∞及其参考序列的转换。
序列装配
Sequencher的装配算法可以将你的DNA片断快速而又准确的装配起来。自觉的工具允许你在数秒内就可以设置好参数→并且调整它们。
你完全可以不顾方向的装配序列。Sequencher会比较前端和反转♀补体方向来装配最可能的Contig。
将Sequencher的多功能装配工具应用到：
确定矢量构造
装配Ψ病毒和细菌基因组
从cDNA库中聚类数以万计的序列
将基㊣ 因变体和一个参考序列做对比
创建一个引物地图
将cDNA装配成基因组序列
以及其他许多项目...
序列编辑
Sequencher能够给你足够的信心认为一个序列是绝对正确╲的。你可以只观察一个序列的色谱图，你也可以从前端或反方向同时查看多个对齐的色谱图。在你的已对齐数据中滚动∞是很容易的。你可以◣使用Sequencher的选择工具来高亮不一致或者低质量的区域。
自动分析
Sequencher可对你的数据进行批处理，这个过程是透明、用户可◆定义、可恢复的，并且Sequencher从不为了自动化的目的而破坏你科学结论的正确性。
当※你工作在多个序列时，Sequencher可以：
调用第二峰
调整矢量
调整低质量的尾端№
创建一致序列
恢复到实验数据
Sequencher总是管理两份数据，一份编辑过的，一份则是原始的导入数据。当你应用“ReverttoExperimentalData”命令到在你项目中已选定的序列或者在一序列中的选中部分时，你可以撤销所有或者部分编辑动作。
自从4.5以后，Sequencher就包含了一个新的自动化工具，“AssemblebyName”。依靠“AssemblebyName”，你可以选择片段名的一部分作为一个共享的标识符，或者说是“装配句柄”。Sequencher就可以将选择和名字自动转换为Contig。例如，仅仅通过一个按钮的点击，你就可以将90个文件，45对前端和反向序列转换成45个根据你〖的病人编号命名的Contig。装配参数的每个变化都会重组你的片段，因此你可以根据克隆编号、日期、引物，或者其他任何你记录在序列名称中的特征，来装配Contig。
如果你做了许多排序，你会感激“AssemblebyName”，尤其是在你有许多个带有一个标准引物集的样本序列时。事实上，任何在序列名中具有可用信息人的人，都有可能使用“AssemblebyName”。一些应用包○括：
用于身份鉴定和人口研究的MHC和线粒体基因排序。
候选基因的PCR产品的分析。
对保存的跨系统分类物种基因的排序。
通过跟踪病毒对抗病毒剂或疫苗的抗药性，对病毒序列进行监控。
即使在项目中只有一个Contig，“AssemblebyName”仍然是有用的，因为它确保Contig的名称可以精确的表述样本的名称。如果你有命名为“Bob”的样本，那么正确命名你的Contig并不是什么难事，但但你有象“Bob-2309888762-4321”这样更复杂的名字时，允许Sequencher命名你的Contig是非常有用的。
矢量调整
自动排序器以基础调用错误生成结果。从DNA库克隆的序列通常包括矢量序列、polyA尾，或其他不相关序列。内含子和引物序列通常会和放大的外显子序列侧面相♂连。不调整的话，这些污染物会扭曲你的装配和下游分析。Sequencher允许你调整低质量或者含糊的数据。“TrimEnds”将令人误解的数据从序列片段的尾部去除。“TrimVector”将污染序列尾部的特定序列数据移除。“TrimtoReference”剔除超出装配参考序列的序列尾部。
系统要求︾和售后服务
软件有适用于不同系统的版本(windows or mac)，含原厂一年的免费技术支持和维护，从软件出厂之日算起。
