■ 扩增子重测序
上样及样品DNA片断化
GS FLX系统支↑持各种不同来源的样品序列测定:包括基因组DNA、PCR产物、BACs和cDNA等等。基因组DNA和BACs等样品需被打断至600-900bp的小片断。对于像非编码RNA或PCR扩增子等小分子样品,则不需要这一步。而通过GS融合引物扩增得到的短片段PCR产物可以直接将其固定于DNA捕★获磁珠上,如下文“一个片段=一颗磁珠”中所示。
文库的◆制备
利用分子生物学技术,将3和5端的特※异性接头(A和B)连接至每一条DNA片断两端。这些接头将被⌒用于之后的纯化、扩增及测序步骤。含有接头A、B的单链DNA片
断即构成了工作流程中的DNA文库。(其中GS FLX Titanium 系√列试剂盒提供的接头A和B片段不同于GS FLX 标准系列试剂盒提供的)。
一个片段 = 一颗磁珠
单链DNA文库被固定于特殊设计的DNA捕获磁珠上。特异接头使◤各条DNA 片段分别结合于各自唯∞一的磁珠之上。结合有不同DNA的磁珠文库经ω油水混合的扩增试剂
乳化分散后,形成成百☉上千颗微乳滴, 每一微乳滴内仅含有一颗磁珠和一条特异的样品DNA片段。
emPCR 扩增(乳滴PCR)
每一DNA片段在其各自的微乳滴中进行独立扩增,排除了其它竞争性或污染性序列对PCR反应的影响。所有DNA片段平行扩增↘,各个磁珠上的不同DNA片段均获↑得数
百万个扩增拷贝。随后,打破微乳滴∩,得到结合于各磁珠的特异扩增片断。
一颗磁珠 = 一条读长
将所有结◣合有DNA片段的磁珠置于PicoTiterPlate(PTP板)中进∑ 行测序。PTP板的孔径恰好仅能容纳一颗磁珠。将PTP板置于GS FLX测序仪中,单个核ζ苷酸依次流经孔洞
和DNA捕获⊙磁珠间。当所加入□的一种或多种核苷酸与模板互补时,便产∞生化学发光信号,进而被 GS FLX系统的CCD相机记录。
数据分析
通过ω 信号强度和PTP板上的位置信息,内置软件能够在10小时测序运行的同时』对1,000,000条数据进行分析。对于测序数据的分析,三种不同的生物信息学分析工具分
别支持以下应用:(1)对高达400Mb大小的全新基因组拼接;(2)对高达3Gb大小的基因」组图谱分析;(3)专用于〗扩增子重测序的图形用户界面。
超高通量基因组↘测序系统Genome Sequencer FLX System下载