Amber是程序套件集合的名称,用于分子(特别是生物分子)的动力学模拟ぷ,并不是哪个具体的程序叫这▅个名称,而是很好地协调工作的各个程序部分一起提供了一个强大的理论框架,用于多种通用计算。AMBER提供两部分内〖容:用于模拟生物分子的一组分子力学力场(无版权限制,也用于其№它一些模拟程序中);分子模拟ζ 程序软件包,包含源代码和演示。 功能 发布版包含了大约60个程序,它们相当好地协调工作。主要的程序□有: sander 用来自NMR的能量限制模拟退火。可以基于来自NOE的距离︻限制和扭转角限制、基于化学位移和NOESY值的性能损失函数,进行NMR的精细化。Sander也是用于分子动力学模拟的主程序。 gibbs 程序包含自由能微扰(FEP)和热动力学积△分(TI),还允许平均力势(PMF)的计算。 roar 进行QM/MM计算,“真正的”Ewald模拟,以及备用的分子动力学积分程序。 nmode 使用一阶和二阶导数信息进▂行简正模式◤分析的程序,用于寻找局域最小值,进行振动分析,寻找过渡态。 LEaP X-window程序,用于基本々模型,AMBER坐标和参数/拓扑文件的创建。它包◥含分子编辑器,可以创建基团和操作分子。 antechamber 该程序套件对大多数有机分子自动产生力场描述。它从结构开始(通常是PDB格式),产生LEaP可识别◥的文件用于分子模拟。要求对蛋白质和核酸产生的力场与通常的Amber力场一致。 ptraj和carnal 用于分析MD轨迹,计算参考结构的RMS偏差,氢键分析,时间相关函数,扩散特性,等。 mm_pbsa 脚本,对MD轨迹自动后期处理,用连续溶剂方法进行热力学分析。它能够把能量归属到不同的基团片断中去,并估算不同构像之间的自由能量差。 8.0版的新功能: 1. 力场。加入四个新力场:基于连续溶剂环境量子计算,重新参数化的全部原子蛋白质力场(ff03);对分子的应用范◢围作了大幅扩充的普通Amber力场 (gaff)适用于共轭体系;新版的多糖力场(glycam04);以及QM/MM工具,体系的一部分可以使用半☆经验方法(如AM1,PM3)得到的ξ能量和力。 9.0版的新增功能 1. 力场:多种新的力场类型,包括:对已有的f99和ff02蛋白质力场进行的升级,对肽和蛋白质的扭转参数做了改善;新的联合原子力场,使用与ff03全原子力场类似的驱动体●系;扩充了gaff力场,增加了分子的适用范围,特别是对共轭体系;支持Ren和Ponder的AMOEBA极化势;半经验的价键模型,可用于对化学反应构造近似的势。
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操作平台:UNIX/Linux,Windows 95/98/NT/2000(需要Cygwin) |