在进行PCR仪中控温模式设定时，一般有三个选项：Block、Tube及Probe。下面就这三种模式种简单的介绍：
PCR仪的温度传感器一般是在模块下面的，也就是说仪器实际能够控制的是模块的温度，Block模式指的就是仪器以控制Block的温度为目的，也就是说你输入95度5分钟，则模块的温度达到95度后开始计时，5分钟后完成。这是最基本的控温模式。
但是，实际上我们↓输入95度5分钟是希望PCR管内的温度∞达到95后开始计时5分钟。PCR仪器开发人员可以先将模块温度控制到97度(比如而已，如果不超过95度，管内温度可々以很长时间才能达到95度▲或根本达不到)，过几秒钟后，等到管内∞温度达到95度，再将模块◣温度降到95度。这样做既达到了管内温度到95度，且速度较快。但过冲的温度量与时间及PCR管的导热系数、PCR反☉应液的体积都有关系。这↑就是各个PCR仪厂家的核心技术了。这种控温方式就称为Tube模式。
如果直接将一个温度传感器加入PCR管中，直接测量PCR管内的温度不是也可以◥吗?这就是Probe模式，也就是在一个不进行PCR反应的管内放入一个温度探头，仪※器根据温度探头测到的温度来控制PCR管内的温度。但传感器的数据检测、分析及反馈是需要时间的，这种控制模式不一定比Tube模式好，而且如果反应体积发生变化时，就比较麻▓烦了。
因此，如今的PCR仪就都是Block和Tube两种模卐式了。如果是正常的PCR反应，一般选Tube模式。如果是长时间保温且对温度过冲要求很高，则可以考虑用Block模式。
