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为了给客户提供更便捷的技术服务，创腾科技将会定期推出应用案例，供大家参考学习!
12月份共新增9个〓应用案例：
一、有效的抗血管生成和抗肿瘤活性的新型人类anti-VEGF抗体,MIL60;
二、内消旋-二氨基庚二酸脱氢酶的蛋白质工程研究;
三、非糖基化的谷胱甘肽催化机制的研究;
四、BABA诱导拟南芥免疫防护的作用机制的研究;
五、PIP2调控CaM-SK离子通道机制的研究
六、基于PP从BLAST数据库中获取HSPs特征并用々于GPCR序列的比对与可视化分析;
七、药物中的二维和三维环;
八、蛋白配体相互作用指纹SPLIF用于♀基于结构的虚拟筛选;
九、基于PP和ChEMBL语料◣库设计的药物化学文档分类系统;
具体案例简介及查看链接：
| 案例名称 | 有效的抗血管生成和抗肿瘤活性的新型人类anti-VEGF抗体,MIL60 |
| 参考文献 | Cellular & Molecular Immunology (2014) 11, 285-293. IF=4.185 |
| 软 件 | Discovery Studio |
| 研究方向 | 抗体工程 |
| 简 介 | 本文⊙报道了一个新型人源VEGF抗体分子，MIL60，可作为肿瘤患者的一个新选择。其中模拟部分，本文基于Discovery Studio的前身Insight II，采用同源建模和蛋白对接技术，构建了MIL60的Fv结构及其同抗原VEGF的复合物∴结构模型，预测了关键的抗体-抗︻原结合位点。 |
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| 案例名称 | 内消旋-二氨基庚二酸脱氢酶的蛋白质工程研究 |
| 参考文献 | Applied and Environmental Microbiology. 2013, 79(16): 5078-5081. IF=3.952 |
| 软 件 | Discovery Studio |
| 研究方向 | 酶工程 |
| 简 介 | 本文通过定点饱和突变，大大提高了S. thermophilum中meso-DAPDH酶对大位阻底物苯基丙酮酸的还原胺化活性，并结合分子模拟和分子动力学模拟，解释了其中一个突变体H227V酶活性大大提高的∞分子机制。 |
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| 案例名称 | 非糖基化的谷胱甘肽催化机制的研究 |
| 参考文献 | Scientific Reports 2014 ,Article number:6698 IF=5.079 |
| 软 件 | Discovery Studio |
| 研究方向 | 蛋白设计 |
| 简 介 |
谷胱甘肽3（GPx3）是谷胱甘肽家族成员之一，可√以催化各种类型的过氧化物转化为¤对应的醇类，GPx3的活性中心是硒代半胱氨酸。在本文研究中，作者提取了☆大肠杆菌突变重组人的GPx3（rhGPx3），虽然rhGPx3没※有经过转录后糖基化的修饰，但是rhGPx3仍然可以减少H2O2和PLPC-OOH等过氧化物的水平。本文主要』的内容是对rhGPx3的催化过氧化合物的机制进行研究。 蛋白表面静电势（Electrostatic Potential）计算方法可以分析蛋白表面静电势，间接分析分子间静电相互作用，或分析突变蛋白的静电势变化情况等。Discovery Studio中的Delphi模块是经典而强大的分子静电分析工具，可以快速计↙算得到蛋白静电势表面，便于直观分析蛋白表面的电荷分布■情况。 |
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| 案例名称 | BABA诱导拟南芥免疫防护的作用机制的研究 |
| 参考文献 | nature chemical biology | vol 10 | JUNE 2014 | IF=13.217 |
| 软 件 | Discovery Studio |
| 研究方向 | 计算生★物学 |
| 简 介 | β氨基丁酸（BABA）可以提高植物的免疫能力，提供广谱的抗菌保护。但是BABA高剂量使用时会抑制植物生长，这阻止了BABA作为植物防卫活化剂的应⌒用。本文报告了拟南芥的突变体被BABA诱导的疾病免疫系统（IBI1）修复病变，而且BABA显著的促进了拟南芥的生长」。IBI1编码天门冬酰胺ㄨ-tRNA合成酶（AspRS），R型BABA作为防御信号分子结合IBI1在细胞质中，开启植物对病原体的防护。同时使天冬氨酸积累，tRNA诱导翻译起始因子eIF2α的磷酸化，这一过程对BABA诱导免疫系㊣ 统无关，同时促进了植物的生长表达。同时证明了BABA活化IBI1控制的免疫应答和生长表达是两条单独的信号通路。 |
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| 案例名称 | PIP2调控CaM-SK离子通道机制的研究 |
| 参考文献 | NATURE CHEMICAL BIOLOGY | vol 10 | september 2014 | , IF=13.217 |
| 软 件 | Discovery Studio |
| 研究方向 | 计算生物学 |
| 简 介 | 磷脂酰◎肌醇磷酸盐（PIPs）是极少的酸性磷脂类，通过与膜蛋白直接作用，在细胞信号传导中具△有非常重要的作用。本文报道了PIP2是重要的辅因子对于钙离子依赖的SK通道的活化，移除内源的PIP2会导致SH通道的抑制。使用计算手段和实验工具，识别PIP2的结合〓位点，主要包括CAM和SK通道IDE两个区〓域的氨基酸。进一步研究将CK2进行磷酸化后，磷酸化位点∩位于PIP2结合位点的附近，将减弱PIP2和CaM-SK通道复合物的相互作用。 |
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| 案例名称 | 基于PP从BLAST数据库中获☉取HSPs特征并用于GPCR序列的比对与可视化分析 |
| 参考文献 | - |
| 软 件 | Pipeline Pilot |
| 研究方向 | 生物◣信息学 |
| 简 介 | 序列比对◆是生物信息学研究的一个重要工具和研究主题，它在序列拼接、蛋白质结构预测、蛋白质结构功能分析、系统进化分析、数据库检索以及引物设计等问题的研究中被广泛应∴用。而在实际序列分析◣中，将功能未知的序列同已知序列进行相似性比较是一种强有力的研究手段，为此，PP的序列分析模块为蛋白质/核酸的序列分析和比对提供了一整套功能强大的解决方案。本文简单描述如何在PP中将GPCR作为研究▓体系将从BLAST数据库中提取的high scoring sequence pairs (HSPs)特征进行分析和比对。 |
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| 案例名称 | 药物中的二维和三维环 |
| 参考文献 | Chem Biol Drug Des 2014; 83: 450–461 IF：2.507 |
| 软 件 | Pipeline Pilot |
| 研究方向 | 化学信♀息学 |
| 简 介 | 平面的芳香环片段在基于片段的药物发现及先导化合物优化过程中被广泛使用，然而平面环有诸多的限制，使得非平面的3D环片段正在受到越来越多的青睐。本文通※过使用Pipeline pilot软件，对已上〇市的药物进行统计分析，分析3D片段环在药物中的重要性。 |
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| 案例名称 | 蛋白配体相互作用指纹SPLIF用于基于结构的虚拟筛选 |
| 参考文献 | J. Chem. Inf. Model. 2014, 54, 2555?2561 IF：4.068 |
| 软 件 | Pipeline Pilot |
| 研究方向 | 药物设计 |
| 简 介 | 准确性和速度在居于结构的药物虚拟筛选中往往是熊和鱼掌不可兼得。为了☆提高虚拟筛选的准确性，往往会在对接后做一定的筛选。为了提高对接的成功率，本文通过引入⊙一种新的算法，居于▂三维结构的蛋白-配体相互作用指纹来对虚拟筛选结果进行进一步筛选。 |
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| 案例名称 | 基于PP和ChEMBL语料库设计的药物化学文档【分类系统 |
| 参考文献 | Journal of Cheminformatics 2014, 6:40 |
| 软 件 | Pipeline Pilot |
| 研究方向 | 化学信息♀学 |
| 简 介 | 伴随着药物化学科研领域研究成果和文〖献发表数量的日益增加，科研工作人员越来越希望有一款自动化或者半自动化的文本分析工具，能够帮助他们对这些文献资料进行分类和对知识进行整理入库。本文所介绍的案例中，来自欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute, EBI）的研究人员基于已有ω 的海量ChEMBL文献数据和机器学♀习算法（Na?ve Bayesian和Random Forest），然后通过工作流的方式建立分类模型，能够㊣ 实现对定义为“ChEMBL-like”（即该文档是否与小分子药物】或者定量生物活性数据相关）的出版物进行自动识别。 |
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